甲状腺细针抽吸活检（FNAB）是诊断甲状腺结节性质的常用方法，虽然具有诸多优点，但也存在一些不可忽视的弊端。
可能会出现假阴性结果。也就是说，检测未能发现恶性细胞。这种情况可能是由于样本取得不够、技术操作不当或者肿瘤类型特殊等因素所导致。即使结果为阴性，医生仍然会高度怀疑存在恶性病变的可能性，需要进一步通过其他检查手段进行确诊。
也存在将良性病变误诊为恶性病变的假阳性结果可能性。这种情况的发生可能与样本污染、技术操作失误等因素有关。
作为一种微创操作，FNAB还存在出血和感染的风险。尤其对于具有出血倾向或免疫系统功能受损的患者来说，这些风险更加显著。
该检查还可能会对周围的组织造成一定的损伤。特别是对于较大的结节或位于较深部的结节，可能会出现疼痛、肿胀以及其他不适症状。
医生在决定进行甲状腺细针抽吸活检之前，会全面评估患者的病情以及存在的风险因素，并会采取适当的预防措施来尽可能地降低这些风险，以保障患者的安全和检查的准确性。