影片开篇来到了一片汪洋大海，一个看似人影的物体漂浮在海面上。这就是片中的主人公——伯恩（马特达蒙饰演）。当同样身处此处海域的一搜渔船发现伯恩，救起他之后，伯恩发现自己什么都不记得了。连自己是谁都不记得了。而也正因如此，从伯恩踏上码头的口岸时，一切的谜底都要由伯恩自己解答。而他为什么身中两枪在海面上随波飘荡也会随着一切的明朗而真相大白。失去了记忆的伯恩虽然有些摸不着头绪，作为一名特工人员的本能帮助着伯恩顺藤摸瓜的理清头绪。而之后结识了陌生女子玛丽，从此玛丽这个人的出现在伯恩的生命当中起到了至关重要的作用，玛丽也同伯恩一样出生入死。而玛丽又与伯恩不同，通过自己女人的天性，有些时候，可能并不需要伯恩给自己拟定的“特工行事计划”，便可协助伯恩拿到所要的信息。而随着影片的进行，伯恩为什么会飘在汪洋大海上，伯恩的身份又是什么，以及，伯恩到底是谁，这些谜底只能伯恩自己去一一解答。
不同于某些同样讲述特工的电影，诸如《碟中谍》以及《007》系列的绝对华丽以及酷炫的特效场景。《谍影重重》一切的一切都给人感觉那么的“朴素”。当特工人员惨遭枪击时，他们甚至没有卫星定位系统来定位在汪洋大海当中的特工人员。，个人认为这一点恐怕是这部电影当中唯一一处“疑点”。紧靠着贴身不停闪亮的防水手电来告知能看到自己的人从而让自己得救。这恐怕怎么也想象不到是美国中情局探员应有的“待遇”。
对于以记者身份出现在电影圈的保罗·格林格拉斯，他能在道格·里曼手中接过炙手可热的《谍影重重》系列电影，无疑和他那部享誉纪录片世界的《血腥星期天》有着莫大的关系。作为记者的格林格拉斯有着写实主义的敏感鼻子，能嗅到片场中真实世界的气味分子，这种天赋异禀为他在2004的《谍影重重2》中带来了举足轻重的贡献，，这种成功也同样延续到了系列作品的第三部。
