为了解各地《地方病防治专项三年攻坚行动方案(2018-2020年)》落实情况，确保如期实现行动目标，9月5日，国家卫生健康委官网发布《地方病防治专项三年攻坚行动年度评估方案》。根据《评估方案》，评估分为县级地市级自评、省级复评以及国家级评估三类。
《评估方案》指出，评估的主要内容包括重点防控措施强化行动执行情况及效果;现症病人救治救助行动执行情况及效果;监测评价全覆盖行动执行情况及效果;群众防病意识提高行动执行情况及效果;防治能力提升行动执行情况及效果;科技防病突破行动执行情况及效果。
县级、地市级自评方面，《评估方案》要求，县级、地市级卫生健康行政部门紧紧围绕所签订的政府目标责任书，针对防治措施落实、病人救治救助、监测评价、健康教育、能力建设与提高等方面开展自评自查，形成自评报告。自评报告通过全国地方病防治综合管理系统逐级审核上报，血吸虫病相关自评报告纸质版盖章后逐级审核上报，并抄报本级人民政府。
省级复评方面，要求省级卫生健康行政部门会同有关部门组织省级评估组，审阅县级和地市级自评报告，并依据自评数据查找问题，有针对性地对县级和地市级开展适度的复评工作。省级复评报告通过全国地方病防治综合管理系统上报，血吸虫病省级复评报告纸质版盖章后报送国家卫生健康委疾控局，并抄报省级人民政府。
国家级评估方面，要求国家卫生健康委会同有关部门组织国家级评估组，通过全国地方病防治综合管理系统和有关省份上报的血吸虫病相关数据及报告，对各省份评估数据进行审核和评价，针对数据完整性、准确性存在问题的省份，国家级评估组将进行现场抽查复核。
