功能性消化不良的治疗重在个性化与综合化。患者在日常习惯上需做出调整，远离与酒精，避免摄入非甾体抗炎药，同时避免摄入可能诱发症状的食物。心理治疗也是不可或缺的一环，帮助患者克服对疾病的恐惧和疑虑，特别是针对失眠和焦虑的患者，适当使用物以助安眠。
目前尚未有特效药物能够根治功能性消化不良，主要采取经验性对症治疗。针对以上腹痛为主要症状的患者，可以选择碱性制酸剂或酸分泌抑制剂，如西米替丁H2受体拮抗剂或奥美拉唑等质子泵抑制剂，以减轻疼痛。
对于腹胀、早饱、打嗝等症状，可使用胃肠动力药。例如多潘立酮，饭前15分钟服用，每日三次。西沙必利为另一种选择，餐前15分钟至30分钟服用，疗程通常为2至8周。但需注意，西沙必利可能引发腹鸣、腹泻、腹痛和心肌QT间期延长等副作用，心脏疾病患者应谨慎使用。
若治疗效果不佳且伴有明显的焦虑、紧张、抑郁等症状，可考虑使用抗抑郁药物。例如阿米替林或氟西汀等，但使用时应从小剂量开始，并密切关注药物的副作用。
还有一些其他药物可供选择，如氢氧化铝凝胶、铋剂、硫糖铝、麦滋林以及粘膜保护剂等。在治疗过程中，可能会采取多种药物联合治疗的方式，以达到更好的治疗效果。
功能性消化不良的治疗是一个综合性的过程，包括生活习惯的调整、心理治疗、药物治疗等多个方面。患者应在医生的指导下进行治疗，保持积极的心态，相信能够战胜疾病。
