（一）治疗
针对不同的内分泌性肌病，治疗原则各异。
对于慢性甲状腺功能亢进性肌病，新斯的明治疗无效。但只要甲亢症状得到控制，肌肉无力和萎缩便会逐渐恢复，这一自然过程让人心生希望。
突眼性眼肌麻痹的治疗颇具挑战。因为这是一个自限过程，药物治疗主要是维持甲状腺的正常功能，药物疗效难以评价。对于轻度突眼，局部使用肾上腺受体阻断药如5％胍乙啶滴眼剂，可防止角膜干燥。而对于严重突眼和眼外肌麻痹，则需借助大剂量皮质类固醇，如泼尼松60~80mg/d口服，进行部分控制。长期使用皮质类固醇可能会有不良反应，因此需慎重使用。对于突眼损伤角膜或可能失明的情况，应立即进行眼睑缝合或眼眶减压以挽救视力。
甲亢性周期性瘫痪可通过口服氯化钾和普萘洛尔终止发作。90％的甲亢有效治疗后，可消除肌无力发作，这一疗效令人鼓舞。
对于重症肌无力，需独立治疗，无论是伴随甲亢还是甲状腺功能减退。甲状腺功能减退性肌病则可通过甲状腺素治疗改善。慢性皮质类固醇肌病是由长期使用皮质类固醇引起的肌肉病变，停药或减量后可逐渐恢复。而急性皮质类固醇肌病则是因皮质类固醇引起的危重病性肌病或急性肢体瘫痪性肌病，大多数患者停药后几周好转。
肾上腺皮质功能不全导致的全身性肌无力和易疲劳，对糖皮质激素和盐皮质激素的治疗反应良好。甲状旁腺性肌病和甲状旁腺功能减退性肌病分别通过特定的治疗手段，如α骨化三醇、钙和维生素D2、D3等，可改善病症。垂体病性肌无力则可通过治疗垂体腺瘤、纠正内分泌和激素紊乱来恢复肌力。
（二）预后
不同的内分泌性肌病有着不同的预后情况。大多数肌病在原发病得到缓解后会有所改善，这一消息无疑给患者带来了希望之光。每一种内分泌性肌病都有其独特的治疗原则和预后情况，需要根据个体情况进行针对性的治疗。通过科学有效的治疗，许多患者的肌力可以得到恢复，生活质量得到显著提高。
