治疗肾包虫病，目前有两种主要方法：药物治疗和手术摘除。药物治疗方面，采用甲苯达唑、吡喹酮、阿苯达唑等化学药物，虽然能够杀灭原头节并损伤包虫囊生发层，但尚未达到完全治愈的目的。药物治疗可作为手术前后移植复发的预防和弥漫性多发包虫病的控制治疗。
另一方面，手术摘除是目前唯一有效的治疗方法。早期发现并进行手术，可以在脏器尚未萎缩时，进行半肾切除或完整内囊摘除，避免全肾切除，以保留有功能的脏器组织。手术的主要目标是摘除包虫，同时防止囊液外溢污染腹腔，缩小外囊空腔并预防术后感染。手术方法包括：
全囊切除术：针对历史悠久的巨大包虫，如果器官组织长期受到压迫而失去功能，应完全切除肾脏或睾丸包虫。但对于包虫的外囊，虽然与器官没有明确的分界线，仍然可以尝试剥离并去除外囊壁，或与生病器官组织一起去除。
包虫完全去除法：在突出器官表面的外囊壁上，缓慢轻轻地切割，直至到达最内层。利用包虫自身的张力，使剩余的薄层外囊壁膨胀开裂。此时需特别小心，防止包虫突出或爆裂。由于包虫囊壁非常脆弱，应避免使用锋利的工具。快速切断外囊切口至包虫直径的1/3，并进行十字形切割以扩大切口。通过注水及手指分离内外囊之间的纤维粘连，缓慢地将包虫从外囊中取出。
包虫穿刺摘除法：遵循“无瘤手术”原则，先用纱布巾保护病灶，将其与周围腹腔器官隔离。使用三通针穿刺吸出囊液，注入20%盐水破坏原头节并脱水。然后提起并切开外囊，去除塌陷的包虫和子囊。无论采用完全去除还是穿刺去除包虫后，肾脏都会留下包虫占据的空腔。处理这些空腔时，需清洁囊壁并内翻缝合以缩小和闭锁空腔。对于较大的空腔，可以部分切断外囊壁，通过缝合闭锁管实现闭合引流。
手术治疗肾包虫病需要极高的精确度和细致的操作技巧，以确保成功摘除包虫并防止并发症的发生。而药物治疗则起到辅助治疗的作用，帮助控制病情并预防复发。