绝大多数肛门直肠周围脓肿的源头可追溯到肛腺的感染与化脓。肛腺，通常位于肛门内外括约肌之间，其开口位于肛隐窝。当我们的粪便和细菌通过这个开口侵入肛腺时，便会引起肛窦炎和肛腺炎。这两种炎症的蔓延范围广泛，能够扩展到肛管直肠周围组织，进而形成肛周脓肿。
在肛管直肠周围，间隙主要由脂肪和淋巴组织构成，这些组织相对松散，因此脓肿多在这些间隙中滋生。除了肛腺感染，还有许多其他因素可能导致脓肿的形成，如损伤、异物、直肠炎、皮肤病等。
值得注意的是，并非所有的病变感染都源于肛腺。一部分肛管直肠周围的脓肿可能直接源于肛裂、血栓性外痔的破裂、脱垂性血栓内痔、直肠脱垂的药物注射，或是肛周皮肤感染、败血症、血液疾病导致的直接创伤。在少数案例中，结核、溃疡性结肠炎或克罗恩病也可能引发脓肿。
虽然肛腺感染是引起肛周脓肿的主要原因，但我们也不能忽视其他可能的诱因，如肛周皮肤感染、损伤、内痔、药物注射、骶尾炎等。对于患者而言，理解这些诱因对于预防和及时治疗肛周脓肿具有重要的意义。