先天性十二指肠闭锁在诊断过程中，需与一系列相似疾病进行精准鉴别。
幽门锁和隔膜，这两种疾病的呕吐物中均不含胆汁。在腹部位置X线平片上，仅可见胃扩张伴随液平现象。通过钡剂检查，可以清晰地显示出幽门窦梗阻的部位，这是区分这两种疾病的关键。
对于先天性肥厚性幽门狭窄，其呕吐物同样不含有胆汁，且通常在发病后的2至3周便可触及右上腹的橄榄形肿块。借助钡餐和钡餐B超声检查，可以观察到幽门管狭窄延长的现象。
环形病也表现为十二指肠第二段梗阻，有时与十二指肠闭锁或狭窄并发。此病在临床检查中的识别较为困难，常常需要借助手术进行确诊。
先天性肠旋转不全也主要表现为十二指肠第二段梗阻，而钡灌肠检查显示盲肠位置异常，可作为此病的诊断依据。
在鉴别过程中，还需要注意其他可能的疾病，如胎粪腹膜炎、先天性巨结肠等，甚至先天性索带压迫十二指肠引起的肠梗阻等。这些疾病的症状可能与先天性十二指肠闭锁相混淆，因此需要进行详尽的鉴别诊断。
对于医生而言，准确鉴别这些疾病至关重要，因为每种疾病的治疗方法和预后都有所不同。只有确诊疾病，才能为患者提供最合适的治疗方案。
