白细胞计数在正常范围或略高，这类病例约占总数的一半，在这些病例中，淋巴细胞数量减少，而嗜酸粒细胞数量轻微上升。血气分析揭示出低氧血症的情况较为普遍，同时观察到肺泡动脉氧压差显著增大，说明肺部功能正在经历一种渐进性的衰退。
通过对气管吸收物或肺活检组织切片的仔细观察，可以清晰地看到肺泡内存在泡沫状嗜伊红物质的团块，这些团块富含原虫。使用乌洛托品硝酸银染色后，可以发现细胞外有直径介于6至8微米的黑棕色圆形或椭圆形囊状物。
近年来，为了更有效地检测病原体，医疗界采取了一些新的方法。如使用高盐水雾化吸入以提高病原体的检出率，同时还采用支气管肺泡灌洗和支气管肺活检等技术。在染色法方面，囊虫染色法如Toluidine blue、环六亚甲胺银、Grdm-wright以及Grimss等方法被广泛应用。
免疫荧光抗体染色和ELISA检测肺囊虫的方法也被用于IgG囊虫抗原的检测。分子生物学技术如抗体和乳胶颗粒凝集试验以及PcR快速早期诊断技术也得到了应用。这些先进的技术方法不仅提高了诊断的精确度，也让医生们能够更快速地对病情进行研判和制定相应的治疗方案。通过这些技术的运用，对于肺部健康的管理和保护将更加精准和有效。
