传统上，皮肤癣的命名多以解剖部位为依据，如体股癣、手足癣等。这种分类方式有助于根据不同部位的皮肤特征，选用更为精准的治疗药物。除此之外，部分皮肤癣还以病原体命名，如黄癣、叠瓦癣、红毛癣等。
皮肤癣菌的侵入，有时会在头发中引发头癣。其症状表现为带有鳞片、水泡或脓疱的环形脱发斑。这些斑点有时分散出现，有时则表现为大面积的化脓性损伤，被称为脓癣。感染后，头发可能变黄或断裂。根据感染位置的不同，可分为发内感染和发外感染。发内感染在头发中形成孢子，可能充满头发或呈链状排列，也被称为黑癣。而发外感染则在头发外部形成大量孢子，呈现镶嵌状或链状排列，这些孢子有时可在头发根部被找到。
当皮肤癣菌侵入角质层时，可能引发体股癣、手足癣等。在头皮屑中，分枝的菌丝可能会断裂成链状孢子。皮肤损伤通常呈现为圆形或多环形，可能分散或相互融合。其组织反应从红斑、鳞片到痂、化脓甚至肉芽肿不等。患者主观上可能无任何感觉，或伴有不同程度的瘙痒。
还有一种真菌——深色柱顶孢及其变异色柱顶孢，能够引发人类掌跖和甲板的感染。其临床表现和直接镜检与手足癣和甲癣非常相似，因此在做标本培养时，应避免添加可能抑制柱顶孢子生长的物质。当皮肤癣菌感染甲板时，被称为甲癣。其症状通常表现为甲板增厚、变色和损伤，但甲周组织一般无炎症或疼痛。
在极少数情况下，皮肤癣菌还可能引起深部组织感染。这可能导致蜂窝织炎、毛囊炎、脓癣、皮下组织脓肿等。例如，杨国良报道的由锈色小孢子菌引起的深度感染病例中，患者头发稀疏，全身见大鳞片损伤和皮肤肉芽肿损伤。
诊断皮肤癣菌感染时，需要根据临床表现判断组织的病理特征。而皮肤癣菌的鉴定则需要观察菌落形态、镜下特征，特别是大分生孢子的大小、形状、分离和细胞壁特征。营养试验、毛发穿孔试验、午间灯试验和配对试验等也有助于确诊。组织病理检查是诊断的重要辅助手段。
