（一）治疗
当真菌感染形成肉芽肿时，药物治疗难以彻底清除，此时手术切除是主要的治疗手段。但在手术前后，抗真菌药物治疗是不可或缺的，尤其是针对原发感染病灶的系统治疗。
1. 开颅病灶切除术：针对这种情况，手术方法与脑结核球、脑结核性肉芽肿的处理方式相同。但无论手术前后，药物治疗都需继续进行。
目前治疗真菌的药物有多种，如两性霉素B、氟康唑、氟胞嘧啶等。针对不同类型的真菌，需要选择不同的药物。例如，对于隐球菌感染，两性霉素B与氟康唑的联合使用效果较佳。
两性霉素B：仍是治疗中枢神经系统隐球菌感染的首选药物。初始剂量为每日1mg，静脉滴入。需注意的是，应在生理盐水中溶解此药物。之后，根据患者的耐受性，每日剂量可逐渐增加到2-5mg，直至达到每日每公斤体重1mg，但浓度不得超过0.1mg/ml。每次静脉滴入应至少持续6小时，并避光。如用药过程中出现明显的副作用，应停止增加剂量，甚至停药几天。治疗期间，每周进行腰椎穿刺，取脑脊液进行培养，待培养结果为阴性后，再继续治疗四周。
如疗效不佳或肾功能受损，可在鞘内或脑室内注射药物。治疗过程中应注意避免与硫胺合成荚膜的新型隐球菌的合成，因此应避免使用硫胺，并维持低硫胺饮食超过3个月。
氟胞嘧啶：口服有效，能通过血脑屏障。剂量为每日50-150mg/kg，每6小时服用一次。最佳是与两性霉素B联合使用，以减少毒性并降低真菌耐药性的出现。全疗程通常为6周。主要的副作用是抑制，此时可以改用单独使用两性霉素B。
咪康唑：是一种低毒性、安全的广谱抗真菌药物。静脉注射溶液制备方式为200mg溶于50-100ml的溶液，在15-30分钟内滴完。常用剂量为每日1200-2400mg/d，每8小时注入一次。需加入葡萄糖或生理盐水溶液中进行滴注。严重病例可考虑同时注射鞘内，每次注射20mg，每3-7天一次。
（二）预后
如果能及时有效地进行药物治疗，并手术切除肉芽肿，预后通常良好。
