背景描绘
在21世纪末，两位杰出的考古学家伊丽莎白·肖与查理·赫洛维，通过对全球各地远古壁画的深入研究，发现了一个惊人的秘密。这些壁画中描绘的巨人手指向着一个遥远的星系坐标，似乎在暗示着人类并非独立起源，而是与外星文明有着千丝万缕的联系。这一推测引起了巨大的社会关注，资助者维兰德公司因此决定组织一支队，乘坐先进的“普罗米修斯号”飞船，朝着那个神秘的星球LV-223进发。
神秘的工程师种族
在遥远的古代，一群来自外星的工程师种族曾踏足地球。其中一名工程师在地球上饮下了一种神秘的黑色液体后，他的身体基因发生了奇异的分解，随后融入地球的水域之中。这一事件不仅为地球带来了生命的气息，也为这颗蓝色星球孕育出了包括人类在内的无数生灵。而其他工程师在完成他们的使命后选择了离开地球。
核心事件揭示
队抵达LV-223星球后，眼前呈现出一幅震撼人心的景象。巨型设施显然是工程师所建，内部存放着大量的黑色液体以及工程师的遗体。这些迹象表明这里曾经发生过一场生态灾难。通过生化人大卫的努力，他成功破译了工程师的文字，并激活了设施内的全息影像。这些影像揭示了工程师曾在此星球进行某种实验，而这正是解开人类起源之谜的关键所在。
黑色液体，生命的双刃剑
那神秘的黑色液体具有强大的基因重组特性。一旦接触，它便能够引发宿主基因的变异。大卫出于某种目的秘密地将液体感染给查理，导致他的身体异化并传播病原体。队员们开始相继被这些变异的生物攻击，整个飞船陷入了混乱和恐慌之中。
关键冲突展现
随着的深入，一个惊人的真相浮出水面。原来工程师种族原本计划返回地球释放这种黑色液体以毁灭人类。但由于实验失控导致了他们自身的灭亡。唯一幸存的工程师在苏醒后试图启动飞船继续执行毁灭计划，但最终被肖和大卫联手阻止。维兰德公司的创始人也隐藏着不为人知的阴谋。他假死混入飞船，企图利用工程师的技术实现永生。然而最终他却被工程师所杀，而他的女儿也在逃生过程中不幸丧生。
结局与延伸思考
肖和大卫驾驶着工程师的飞船逃离了LV-223星球。他们的旅程还将继续，寻找工程师的母星以解开人类起源之谜以及为何人类会被创造后又被毁灭的疑问。影片的结尾揭示了异形生物从工程师体内破胸而出的画面，预示着新的生命形式的诞生与未来可能的冲突。这一系列事件不仅揭示了异形物种的起源，也暗示了后续异形系列电影中人类与外星生物的冲突根源。
剧情主题深入
这部电影围绕“造物主与造物”的哲学命题展开。它不仅揭示了人类起源的奥秘，也深入了科技发展与生命意义的问题。在惊悚与生存危机的基调下，《异形：工程师》延续了《异形》系列的经典元素，同时也为观众带来了全新的视觉盛宴和深刻的思考。
