尽管口腔溃疡的确切原因尚未被完全揭示，但多数专家认为它是多种因素综合作用的结果。溃疡的发生可能与免疫、遗传和环境因素的相互作用有关。环境因素包括精神压力、生活作息和社会环境等，这些因素可能导致机体出现异常的免疫反应，从而引发口腔溃疡。也存在一些具体的诱因。
消化系统疾病和功能障碍是口腔溃疡的重要因素之一。许多患有系统性疾病的患者，尤其是胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎等疾病的患者，容易出现口腔溃疡的症状。研究表明，大约有一半以上的口腔溃疡患者存在腹胀、腹泻或便秘等消化问题。这些都可能间接引发口腔溃疡的出现。
内分泌变化也是女性患者口腔溃疡的常见诱因之一。有些女性会在月经期或月经前后出现口腔溃疡的症状，这可能与体内的激素水平变化有关。研究发现，月经期口腔溃疡的出现可能与体内孕酮水平升高和雌激素水平下降有关。情绪波动、精神紧张等精神因素也可能引发口腔溃疡的发生。
遗传因素也是导致口腔溃疡的重要原因之一。如果父母双方都患有复发性口腔溃疡，他们的孩子患病几率高达百分之八十至九十；如果只有一方患病，孩子也有百分之五十至六十的患病几率。营养不良、缺乏微量元素如锌、铁、叶酸和维生素等也可能降低免疫功能，从而增加复发性口腔溃疡的风险。其他因素还包括病毒、细菌的作用以及一些生活习惯的改变如等可能诱发口腔溃疡的出现。
按照中医的理论体系，口腔溃疡的病因主要有外感六淫、饮食不节、情志过极等。其中外感燥火是主要的致病因素，而内伤脏腑热盛也是重要的诱因之一。主病之脏主要在心和脾(胃)。局部营养输送障碍也是口腔溃疡的一个原因。口腔粘膜的免疫功能缺失可能导致某些病毒潜伏并引发溃疡。
口腔溃疡的发生是多因素综合作用的结果。它既可能与免疫、遗传和环境因素相关，也可能受到消化系统疾病、内分泌变化、精神压力等因素的影响。了解这些原因对于预防和治疗口腔溃疡具有重要的意义。
