临床表现以急性胃肠炎为主，症状包括恶心、呕吐、腹痛和腹泻。在葡萄球菌食物中毒的情况下，呕吐症状尤为明显。仔细观察呕吐物，可以发现其中含有胆汁，偶尔还夹杂血液和粘液。腹痛通常发生在上腹部和脐周区域，腹泻频繁，产生的粪便多为黄色稀便和水样便。对于由侵袭性细菌引发的食物中毒，可能会出现发热、腹部阵发痛，并伴随粘液脓血便。在某些副溶血弧菌食物中毒的病例中，甚至可能出现血样症状。产气荚膜杆菌A型病情相对较轻，而少数C型和F型的病例可能会导致出血性坏死性肠炎。某些过敏反应也不能忽视，如面部潮红、头痛和荨麻疹等。严重腹泻可能导致脱水、酸中毒，甚至休克等严重后果。
此类食物中毒的潜伏期相对较短，超过72小时以上的病例可以基本排除食物中毒的可能。金黄色葡萄球菌食物中毒主要是由食物中积累的肠毒素引起的。当产气荚膜杆菌等细菌进入人体后，会在1～6小时内产生不耐热肠毒素。而对于侵袭性细菌如沙门氏菌、副溶血弧菌和变形杆菌等引发的食物中毒，潜伏期一般在16至48小时之间。在这个过程中，患者应积极配合医生治疗，以期早日康复。
