感染后的潜伏期，平均在2至3天之间。病例大多在大约一周以内显现症状，然而少数不幸的个体可能在数周之后才会发病。相较男性，女性的症状通常较为轻微，其潜伏期也较长。
初发时，会在外生殖器部位出现炎性小丘疹。经过短短的24至48小时，这些丘疹会迅速转化为脓疱。在3至5天后，脓疱破裂，形成具有清晰边界的溃疡。这些溃疡呈圆形或椭圆形，边缘如同锯齿一般，其底部潜藏浊物，周围则伴有炎症红晕。溃疡处覆盖着黄色猪油样的脓苔和脓性分泌物，若剥去脓苔，可见出血。疼痛显著，触之柔软，这就是所谓的软下疳。
软下疳的数量最初仅为1-2个。由于可自家接种，因此在附近可能出现新的病灶。这些软下疳主要出现在外阴部位，男性多发生于冠状沟、包皮、龟头以及包皮系带处；而女性则多出现在阴唇、外阴及后联合部位。除此之外，手指、口唇、舌等其他部位也有可能出现。
受损部位的淋巴腺肿大是此病的一个明显症状。大约50%的患者在数天至两周内会形成溃疡。这些损伤通常只发生在一侧，尤其是左侧，男性患者较为多见，被称为横痃。
软下疳横痃表现为急性化脓性腹股沟淋巴腺炎，通常为单侧，局部症状包括红肿、热痛。当横痃溃破后，会呈现鱼嘴样外翻，俗称“鱼口”。由于近年来及时使用了有效治疗剂，控制了感染的进一步发展，典型的软下疳横痃已较为罕见。
还存在多种异型软下疳，包括：一过性软下疳，其损害较小，在4至6天内消失，但2周左右后可能发生腹股沟淋巴结病，易误诊为性病性淋巴肉芽肿或生殖器疱疹；隆起性软下苷，其溃疡底部呈凹陷状，因肉芽增生而形成隆起；毛囊性软下疳，形成溃疡的源头是针头大的小型下疳；矮小软下疳的损害非常小，很像由生殖器疱疹引起的糜烂，但有不规则的基底和刀切样出血性边缘；侵蚀性软下疳的溃疡发展迅速并向深处蔓延，数日内可能导致阴茎或阴唇大片坏死和脱落，从而引发大出血，这种情况多由其他细菌的混合感染导致。
